アテローム血栓性脳梗塞心原性脳塞栓症による脳主幹動脈閉塞とその部位が諸検査で明らかなものの、rt-PA療法の適応基準を満たしていないため実施ができないケースも想定されます。これらの例に対して、慎重な判断の上で血管内治療手技を用いたマイクロカテーテルを誘導し、ウロキナーゼを投与して血栓の溶解を図ります。
しかし、治療による閉塞血管の再開通は劇的な症状改善をもたらす可能性がある一方で、致死的な出血性梗塞を誘発するリスクもあります。たとえ麻痺が残っても、生命予後が良好な患者に血栓溶解療法で知識的出血を招くことは絶対に避けなければならず、適応の決定は慎重に行わなければなりません。
出血性梗塞の発生を予測することは用意ではありませんが、少なくともCTで何らかの不可逆的虚血性変化が認められる場合や、緊急MRI検査の拡散強調画像で広範な高信号域を呈する場合は、血栓溶解療法は出血の危険が高く禁忌と考えられています。
2010年には脳幹動脈内の血栓を機械的に捉えて回収する血管内治療システム「Merci リトリーバー」が認可されました。血栓溶解薬を使用せず出血リスクが低いため、発症経過時間の枠をより拡大することが可能と推定され、期待が寄せられています。